Analyzing transfer learning impact in biomedical cross lingual named entity recognition and normalization

Background The volume of biomedical literature and clinical data is growing at an exponential rate. Therefore, efficient access to data described in unstructured biomedical texts is a crucial task for the biomedical industry and research. Named Entity Recognition (NER) is the first step for information and knowledge acquisition when we deal with unstructured texts. Recent NER approaches use contextualized word representations as input for a downstream classification task. However, distributed word vectors (embeddings) are very limited in Spanish and even more for the biomedical domain. Methods In this work, we develop several biomedical Spanish word representations, and we introduce two Deep Learning approaches for pharmaceutical, chemical, and other biomedical entities recognition in Spanish clinical case texts and biomedical texts, one based on a Bi-STM-CRF model and the other on a BERT-based architecture. Results Several Spanish biomedical embeddigns together with the two deep learning models were evaluated on the PharmaCoNER and CORD-19 datasets. The PharmaCoNER dataset is composed of a set of Spanish clinical cases annotated with drugs, chemical compounds and pharmacological substances; our extended Bi-LSTM-CRF model obtains an F-score of 85.24% on entity identification and classification and the BERT model obtains an F-score of 88.80% . For the entity normalization task, the extended Bi-LSTM-CRF model achieves an F-score of 72.85% and the BERT model achieves 79.97%. The CORD-19 dataset consists of scholarly articles written in English annotated with biomedical concepts such as disorder, species, chemical or drugs, gene and protein, enzyme and anatomy. Bi-LSTM-CRF model and BERT model obtain an F-measure of 78.23% and 78.86% on entity identification and classification, respectively on the CORD-19 dataset. Conclusion These results prove that deep learning models with in-domain knowledge learned from large-scale datasets highly improve named entity recognition performance. Moreover, contextualized representations help to understand complexities and ambiguity inherent to biomedical texts. Embeddings based on word, concepts, senses, etc. other than those for English are required to improve NER tasks in other languages.This work was partially supported by the Research Program of the Ministry of Economy and Competitiveness - Government of Spain, (DeepEMR project TIN2017-87548-C2-1-R)

Propuesta de implementación para la Constructora Correa & Olivares de un Sistema de Gestión de Calidad bajo los requisitos de la Norma Chilena 2909:2004

143 p.El presente Proyecto de Mejoramiento fue realizado en la Constructora Correa & Olivares a esta se le realizo la propuesta de implementar un Sistema de Gestión de Calidad, basado en los requisitos de la Norma Chilena 2909:2004, el fin de este proyecto es entregar las herramientas necesarias para que la empresa logre implementar y en un futuro alcanzar la certificación de esta norma. Debida a que se detectaron falencias dentro de la empresa, como la formalización de los procesos, falta de claridad en el desarrollo de cada actividad, que trabajador se dedica a cada tarea y finalmente la ausencia de un SGC el cual verifique que sus productos son de calidad. El proyecto comienza con la realización de un diagnóstico de la situación actual de la empresa, para este análisis se utiliza una serie de herramientas, comenzando con un análisis de entorno, con las 5 fuerzas de PORTER, el FODA y uno de los mas importantes es el diagnóstico arrojado por el SIGA el cual da a conocer en qué nivel de gestión se encuentra la empresa y cuál es el paso recomendado para mejorar, los resultados arrojados dieron a conocer que para mejorar la empresa debe implementar la norma NCh2909:2004, para continuar se realizo la lista de chequeo para determinar el nivel de cumplimiento que posee la empresa respecto a los requisitos de la norma. Se desarrollo la postura estratégica de la empresa, la descripción de los puestos de trabajo, además de esto se desarrollaron los documentos, como los procedimientos, el manual de calidad, auditoría interna entre otros.Se realizo la evaluación económica de implementar la norma y en un futuro certificarla, esta se hizo de dos maneras una con el cofinanciamiento de CORFO y otra sin el cofinanciamiento, presentando una diferencia $2.463.408. Para finalizar con el proyecto de mejora se realiza un último análisis SIGA, el cual arroja los nuevos resultados después de implementar la norma

Diseño de la estructura de estimación de composiciones para columnas de destilación binaria: un enfoque geométrico

El segundo problema consiste en diseñar la estructura de estimación, que para un objetivo específico de estimación (v.g. perfil completo o parcial, dos efluentes o un efluente), logra el mejor desempeño del algoritmo en términos de velocidad de reconstrucción y robustez. En el diseño estructural se incluyen como grados de libertad: (i) la elección de modelo o parte de él, (ii) el número de mediciones y su ubicación, y (iii) el mecanismo de asimilación y transmisión de la información desde las mediciones de temperatura hasta las concentraciones de interés. Como un aspecto importante del trabajo se diseña y realizan corridas experimentales para probar, validar e ilustrar la metodología propuesta.En esta tesis se estudia el problema de estimación de composiciones en la clase de columnas de destilación con mezclas binarias, en base a la combinación de un modelo con mediciones de temperatura, atendiendo a objetivos específicos de estimación y frente a las características físicas y termodinámicas de la columna. El problema de diseño incluye: (i) la estructura (modelo completo o truncado, número de mediciones de temperatura y su ubicación, así como el mecanismo de asimilación y transmisión de la información de las mediciones), (ii) y el algoritmo ( elección, construcción y sintonización del procesador dinámico de datos que realiza la tarea de estimación). El punto de partida metodológico es el reciente rediseño del estimador geométrico (del tipo Luenberger o alta ganancia no-lineal) que tiene: (i) a la estructura como grado de libertad, (ii) procedimiento sistemático de sintonización para cualquier estructura, y (iii) se puede implementar con jacobianos del modelo en vez de las derivadas direccionales de alto orden. Específicamente, en esta tesis se abordan dos problemas. El primer problema consiste en valorar los siguientes resultados obtenidos mediante estudio teórico (Álvarez y Fernández, 2009) con datos experimentales: (i) la factibilidad de implementar un estimador no lineal del tipo Luenberger sin calcular derivadas direccionales (que en caso del sistema experimental empleado en este trabajo son doce y a sabiendas que no se puede ir más allá de tres) y (ii) la equivalencia entre el estimador geométrico y el filtro extendido de Kalman

Comportamiento de variables económicas y de indicadores de comercio del mango mexicano.

The most predominant mango producers are India, Indonesia, China, Mexico and Pakistan, whereas the most important exporters are Mexico, Thailand, the Netherlands, Brazil and Peru. Mexico is the fourth producer and first worldwide exporter of mangoes; and its main partners in the mango trade are the United States of America, Canada and Japan. This work intended to characterize the behavior of economic variables and the trade indicators of mangoes produced in Mexico. The applied methodology consisted of calculating the growth rates of the variables and trade indicators, in order to assess competitiveness in the Mexican mango trade. The growth rates of production, export, total trade and trade balance variables exceeded zero, reflecting expansion in both production and trade; likewise, the relative trade balance coefficients, tradability index, export openness index and export coefficient had values above zero, revealing export competitiveness; while imports represented around 0.1% of national consumption and the trade dependency index was around zero, indicating little national consumption dependence on imports. The positive growth rates for the variables and positive coefficients of the trade indices reflect that mango production and exports are expanding and are competitive.Los mayores productores de mango son India, Indonesia, China, México y Pakistán. Mientras que, los exportadores más importantes son México, Tailandia, Holanda, Brasil y Perú. México es el cuarto productor y primer exportador mundial de mango; y sus principales socios en el comercio del mango son Estados Unidos de América, Canadá y Japón. El objetivo del trabajo fue caracterizar el comportamiento de las variables económicas y de los indicadores de comercio del mango producido en México. La metodología aplicada consistió en los cálculos de las tasas de crecimiento de las variables y de los indicadores de comercio, con la finalidad de conocer el comportamiento de la competitividad del comercio del mango mexicano. Las tasas de crecimiento de las variables producción, exportación, comercio total y balanza comercial fueron mayores que cero, reflejando expansión de la producción y comercio; así mismo, los coeficientes balanza comercial relativa, índice de transabilidad, índice de grado de apertura exportadora y coeficiente de exportación tuvieron valores mayores que cero, los cuales manifiestan competitividad de las exportaciones; mientras que las importaciones representaron alrededor de 0.1% del consumo nacional y el índice de dependencia comercial estuvo en alrededor de cero, señalando poca dependencia del consumo nacional de las importaciones. Las tasas de crecimiento positivas de las variables y los coeficientes positivos de los índices de comercio reflejan que la producción y exportación de mango está en expansión y es competitiva

Diabetes mellitus tipo 2 en el Ecuador: revisión epidemiológica

Introduction: Type 2 diabetes mellitus is characterized as a heterogeneous syndrome of multifactorial etiology with complex metabolic endocrine disorders. Objective: Conduct a critical systematic scientific review of the literature on the most relevant aspects of the epidemiology of type 2 diabetes mellitus in Ecuador. Material and methods: A systematic bibliographic review was carried out within the Pub med databases, Web of Sciences, ProQuest of the last five years of statistics on diagnosis, hospitalization, morbidity-mortality and diabetes complications in Ecuador. Additionally, the review of genetic, environmental and behavioral risk factors that interact in the development of this disease, using the following key words: Systematic review, type 2 diabetes mellitus, epidemiology, Ecuador. Results: In Ecuador there is evidence of a significant increase in mortality in recent years because of DM2, with a total of 4895 deaths in the year 2017, which could increase due to increased risk factors associated as obesity, dyslipidemia, Sedentariness, smoking, among others. In addition, a direct relationship was found between the low socioeconomic situation and the development of the disease. Conclusions: Type 2 diabetes mellitus is a pathology with global distribution whose incidence and prevalence is increasing. Ecuador is not the exception to this problem, presenting itself as one of the most important epidemics of the 21st century. The bibliographic review will allow the implementation of preventive actions in the field of public health.Introducción: La diabetes mellitus tipo 2 se caracteriza por ser un síndrome heterogéneo de etiología multifactorial con alteraciones endocrinas metabólicas complejas. Objetivo: Realizar una revisión científica sistemática crítica de la literatura acerca de los aspectos más relevantes de la epidemiología de la diabetes mellitus tipo 2 en el Ecuador. Material y Métodos: Se realizó una revisión bibliográfica sistemática dentro de las bases de datos Pub med, Web of sciences, Proquest de los últimos cinco años de estadísticas en sobre diagnóstico, hospitalización, morbi-mortalidad y complicaciones de diabetes en Ecuador. Adicionalmente, la revisión de factores de riesgos genéticos, ambientales y de comportamiento que interactúan en el desarrollo de esta enfermedad, usando las siguientes palabras clave: revisión sistemática, Diabetes Mellitus Tipo 2, Epidemiologia, Ecuador. Resultados: En el Ecuador se evidencia un incremento significativo de la mortalidad en los últimos años a causa de la DM2, con un total de 4895 defunciones en el año 2017, lo cual podría incrementar debido al aumento factores de riesgo asociados como: obesidad, dislipidemia, sedentarismo, tabaquismo, entre otros. Además, se encontró una relación directa entre la situación socioeconómica baja y el desarrollo de la enfermedad. Conclusiones: La diabetes mellitus tipo 2 es una patología con distribución mundial cuya incidencia y prevalencia está en aumento. Ecuador no es la excepción a esta problemática, presentándose como una de las epidemias más importantes del siglo XXI. La revisión bibliográfica permitirá implementar acciones de prevención en el ámbito de la Salud Pública

A two-stage deep learning approach for extracting entities and relationships from medical texts

This Work Presents A Two-Stage Deep Learning System For Named Entity Recognition (Ner) And Relation Extraction (Re) From Medical Texts. These Tasks Are A Crucial Step To Many Natural Language Understanding Applications In The Biomedical Domain. Automatic Medical Coding Of Electronic Medical Records, Automated Summarizing Of Patient Records, Automatic Cohort Identification For Clinical Studies, Text Simplification Of Health Documents For Patients, Early Detection Of Adverse Drug Reactions Or Automatic Identification Of Risk Factors Are Only A Few Examples Of The Many Possible Opportunities That The Text Analysis Can Offer In The Clinical Domain. In This Work, Our Efforts Are Primarily Directed Towards The Improvement Of The Pharmacovigilance Process By The Automatic Detection Of Drug-Drug Interactions (Ddi) From Texts. Moreover, We Deal With The Semantic Analysis Of Texts Containing Health Information For Patients. Our Two-Stage Approach Is Based On Deep Learning Architectures. Concretely, Ner Is Performed Combining A Bidirectional Long Short-Term Memory (Bi-Lstm) And A Conditional Random Field (Crf), While Re Applies A Convolutional Neural Network (Cnn). Since Our Approach Uses Very Few Language Resources, Only The Pre-Trained Word Embeddings, And Does Not Exploit Any Domain Resources (Such As Dictionaries Or Ontologies), This Can Be Easily Expandable To Support Other Languages And Clinical Applications That Require The Exploitation Of Semantic Information (Concepts And Relationships) From Texts...This work was supported by the Research Program of the Ministry of Economy and Competitiveness - Government of Spain, (DeepEMR project TIN2017-87548-C2-1-R)

Crecimiento de cristales de anglesita y celestina en gel de sílice. Transferencia de masa y criterios de cristalización Sílice. Transferencia de masa y criterios de cristalización

En el presente trabajo se analiza la cristalización de Celestina (SrSO,) mediante la técnica del gel de Sílice. El dispositivo experimental consistió en un sistema doble de difusión-reacción. Los reactivos empleados fueron SrCL, y N%S04 (0.5.0.3 y 0.1M. en ambos casos). La testificación experimental de la transferencia de masa y de la evolución del pH en el gel sirvió de vehículo para establecer unos "criterios de cristalización" que. unidos a la sobresaturación, han permitido justificar la posición del primer precipitado. Asimismo, se ha estudiado la influencia de la sobresaturación y de la velocidad de sobresaturación en la morfologíade crecimiento de los cristales de Celestina. El caracter de sistema abierto de la técnica empleada da lugar a que las condiciones de cristalización se modifiquen a lo largo del tiempo y del espacio. Dicha evolución queda reflejada en diferentes estadios morfológicos que se han interpretado de acuerdo con las características fisicoquímicas del medio

Distribution of pines in Europe agrees with seedling differences in foliage frost tolerance, not with xylem embolism vulnerability

Drought and frosts are major determinants of plant functioning and distribution. Both stresses can cause xylem embolism and foliagedamage. The objective of this study was to analyse if the distribution of six common pine species along latitudinal and altitudinalgradients in Europe is related to their interspecific differences in frost tolerance and to the physiological mechanismsunderlying species-specific frost tolerance. We also evaluate if frost tolerance depends on plant water status. We studied survivalto a range of freezing temperatures in 2-year-old plants and assessed the percentage loss of hydraulic conductivity (PLC) duexylem embolism formation and foliage damage determined by needle electrolyte leakage (EL) after a single frost cycle to −15 °Cand over a range of predawn water potential (psipd) values.Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (México)Ministerio de Ciencia, Innovación y UniversidadesComunidad de Madri

Eficacia en la manifestación de voluntad expresada en el DNI para la donación de órganos - Ley Nº 28189 Chiclayo 2010 - 2011

El tema de la donación de órganos debería encontrarse de manera permanente, dentro de una sociedad, establecerse en la mente de las personas involucradas concientizándolas a ser parte de esta actividad e incrementando los índices de donadores. Por la propia naturaleza del ser humano, el hombre es capaz de manifestar su voluntad ante múltiples situaciones, como tomar decisión de permitir que, luego de su fallecimiento, sus órganos sean extraídos y posteriormente trasplantados a otra personas que requieran de dicho órgano para prolongar su expectativa de vida, en un acto de completo altruismo, siendo éste expresado debidamente en el máximo documento de identificación en nuestro país, nos referimos al Documento Nacional de Identidad (DNI). El problema surge cuando, luego de manifestada esta voluntad en el respectivo DNI y producida la muerte del donante, ésta no es cumplida, por las razones de oposición de familiares debido a la incomprensión o desconocimiento del estado clínico de muerte encefálica aunada al sentimiento de profundo dolor que genera la pérdida de un ser querido, convirtiendo esto en un obstáculo al ya reducido número de donantes en nuestra ciudad, pese a que, existiendo una Ley que regula el Trasplante de órganos y tejidos Humanos en las situaciones ya mencionada, autorizando a que se proceda con la ablación a las personas que manifiesten su voluntad de donar sus órganos y/o tejidos para fines de prolongación de la vida, los responsables directos de su cumplimiento no logran que la voluntad del donante fallecido sea cumplida. Pues, no es suficiente con que, en el DNI de un donante figure su decisión de donar sus órganos, ya que en muchos casos, producida la muerte del donante, los familiares se oponen a que ésta voluntad sea cumplida, conllevando al incumplimiento de la Ley General de Donación y Trasplante de Órganos y/o Tejidos Humanos - Nº 28189. Frente a esta problemática, se planteó la iniciativa de investigación respecto a las razones por las que se presenta el mencionado incumplimiento y se dan empirismos aplicativos respecto a conceptos básicos que deberían ser conocidos y tomados en cuenta por los responsables de la realización de la extracción y posterior donación de órganos, así como de la comunidad jurídica que no ha planteado iniciativas para el fortalecimiento de lo contenido en la mencionada, ley.Tesi